Toto je miesto, kde sa v minulosti začala skaza minojskej kultúry na Kréte – niekedy medzi rokmi 1450 a 1400 p.n.l. Vybuchla tu obrovská sopka, jej následkom bola vysoká cunami, ktorá spustošila minojskú Krétu. Časti sopky vidíme nad morskou hladinou, zakiaľ čo jej zvyšná časť sa skrýva pod morom a je ešte stále aktívna. Santorini je presne to, čo z tohoto obrovského kráteru je nad morskou hladinou. Je to vlastne sopečná kaldera.
Veľa ľudí verí, že Santorini bol vlastne bájnou Atlantídou, ktorá sa prepadla do mora. Dórovia, ktorí sa tu usadili v 8. storočí p.n.l., nazvali ostrov Thíra. Po dobytí Benátskou republikou v 13. storočí bol premenovaný na Santorini, podľa jeho sv. patrónky svätej Ireny.