Prístav a lode hrajú v existencii Jokohamy životne dôležitú úlohu. Predtým, ako to tu všetko začalo, bolo toto miesto len prírodným zálivom s riekou, lúkami s potokmi a vedľa bol zalesnený kopec. Bola tu len malá rybárska osada, keď prišiel komodor Matthew Perry s flotilou ôsmych amerických vojnových lodí, ktoré boli čierne a teda ich po japonsky volali kurofune. Prinútil šóguna otvoriť Japonsko Západu. Dňa 31. marca 1854 bola podpísaná Zmluva o mieri a priateľstve. Bola napísaná po anglicky, holandsky, čínsky a japonsky. Znamenala koniec 220-ročného obdobia národnej izolácie = sakoku.
O päť rokov neskôr, 2. júna 1859, bol oficiálne otvorený Prístav Jokohama a teda bola založená Jokohama ako prvá “Zahraničná osada” v Japonsku. Cudzinci sa zväčša usadzovali v Kannai – na nížine. Kannai znamená “v rámci brány”. Avšak od roku 1862 väčšinou mali rezidencie vo štvrti Yamate na kopci, ktorý sa v angličtine volal The Bluff. Keďže Jokohama sa stala základňou zahraničného obchodu v Japonsku, lákala ľudí z celého sveta, podnikateľov, kupcov… Jej prístav nadobudol veľkú dôležitosť hlavne po reformách Meidži roku 1868, keď sa rozvíjal ako prístav pre obchod s hodvábom, predovšetkým s Veľkou Britániou. Dokonca sa stala známou ako mesto hodvábu.
Pred Veľkým zemetrasením v oblasti Kantó, ktoré udrelo 1. septembra 1923, mala Jokohama takmer pol milióna obyvateľov a bola 6. najväčším mestom v Japonsku. Dnes s vyše 3710000 obyvateľmi je 2. najväčším japonským mestom, pričom Tokio je najväčšie.